KTL:n osastojen tehtävänä on laitoksen perustehtävän mukaisesti:
tehdä tutkimustyötä ja seurata kansainvälistä kehitystä
antaa asiantuntijapalveluja erityisesti viranomaisille ja eri alojen ammattilaisille, osallistua terveystiedotukseen sekä muuhun väestön terveyden edistämiseen
huolehtia tarvittavista kansanterveydellisistä seuranta- ja arviointitehtävistä
osallistua kansainväliseen ja kotimaiseen yhteistyöhön ja koulutukseen
Laitoksessa on johtoryhmä, johon kuuluvat pääjohtaja, osastojen johtajat ja tiedotuspäällikkö. Johtoryhmän tehtävänä on pääjohtajan apuna käsitellä tärkeimmät laitoksen toiminnan kehittämistä sekä talouden ja hallinnon suunnittelua, toimeenpanoa ja seurantaa koskevat asiat.