Mykobakteerien lajimääritys tehdään Geno Type - liuskahybridisaatiotestillä (Hain Life Science). Tarvittaessa tunnistusta jatketaan 16S rDNA-sekvensoinnilla. Mykobakteeri-lajimääritys
M. tuberculosis lääkeherkkyysmääritys tehdään viljelyautomaatilla nestemäisessä elatusaineessa. Käytetyt lääkeaineet ovat isoniatsidi, rifampisiini, streptomysiini, etambutoli, ja pyratsiiniamidi. TB-herkkyysmääritys tehdään maksuttomana referenssitoimintona.
Resistentin M. tuberculosis –kannan lääkeherkkyysmääritykset tehdään suppean alueen MIC-määrityksenä 7H10-agarilla. Määritys tehdään vain kannoille, joiden epäillään tai tiedetään olevan resistenttejä yhdelle tai useammalle peruslääkkeelle. Käytetyt lääkeaineet ovat sykloseriini, etionamidi, p-aminosalisyylihappo, amikasiini ja ofloksasiini.
Rifampisiini- ja isoniatsidi-pikamääritys tehdään M. tuberculosis –kannoille, joiden epäillään olevan moniresistenttejä ( MDR-TB). Määritys tehdään sekvensoimalla rpo B-geenistä tai katG-geenistä resistenssiä aiheuttavia mutaatioita sisältävä alue.
M. avium complex (MAC) lääkeherkkyysmääritys tehdään suppean alueen MIC-määrityksenä atsitromysiinille, klaritromysiinille, etambutolille, klofatsimiinille ja rifabutiinille.
M. chelonae- fortuitum- kompleksin lääkeherkkyys testataan E-testillä amikasiinille, doksisykliinille, imipeneemille, kefoksitiinille, klaritromysiinille, siprofloksasiinille, sulfmetoksiatsolille ja tobramysiinille.
Muut atyyppiset mykobakteerit testataan maljamenetelmällä seuraaville lääkeaineille: isoniatsidi, rifampisiini, streptomysiini, etambutoli, pyratsiiniamidi, amikasiini, siprofloksasiini ja levofloksasiini.
M. tuberculosis genotyypitys tehdään MIRU-VNTR ja spoligotyypitys-menetelmillä
M. tuberculosis –kannoista pyydettäessä. Näillä menetelmillä selvitetään tiettyjen kantojen yhteenkuuluvuutta esimerkiksi epäiltäessä laboratoriokontaminaatiota.
M.tuberculosis genotyypitys
THL:n akkreditoitujen laboratorioiden pätevyysalueet ovat nähtävissä FINAS-akkreditointipalvelun www-sivuilla:
http://www.finas.fi/Scopes/T077_M14_2010_k01.htm
Mykobakteerilaboratorion FINAS-akkreditointi (T077 EN ISO/IEC 17025:2005) kattaa seuraavat menetelmät:
- Mykobakteeri-lajimääritys (Hybridisaatio, sekvensointi, PCR) - Mycobacterium tuberculosis complex lääkeherkkyysmääritys (viljely kriittisessä lääkeainekonsentraatiossa) - Mycobacterium tuberculosis complex -genotyypitys (spoligotyypitys)