Viruskantojen keskinäisiä suhteita ja sukulaisuuksia voidaan tutkia varsin tarkoin fylogeneettisen analyysin avulla. Analyysi perustuu viruskannan genomin sekvenssin määrittämiseen ja sukulaisuussuhteiden matemaattiseen tutkimiseen. Niiden avulla tartuntaketjuja voidaan selvittää jopa yksilötasolle saakka. Tällä on jo lähitulevaisuudessa suuri merkitys niin tartuntojen leviämisen selvittelyssä kuin torjuntakeinojakin suunniteltaessa ja arvioitaessa. Neljä vuotta sitten julkisuuteen nousi tapaus, jossa floridalaisen hammaslääkärin epäiltiin tartuttaneen HI-viruksella joukon asiakkaitaan. Asian selvittämiseksi tehtiin fylogeneettinen tutkimus, jossa hammaslääkärin omaa HI-virusta verrattiin tartunnan saaneiden potilaiden HI-viruksiin. Jotta havaitun yhtäläisyyden painoarvo voitiin arvioida oli tutkittava myös suuri joukko alueella asuvien HIV-tartunnan saaneiden viruksia. Analyysin perusteella varmistui, että osa potilaista oli todella saanut saman viruksen kuin hammaslääkärillä oli ja että viruksissa havaitun evoluution perusteella tartunta hyvin todennäköisesti oli tapahtunut juuri samaan aikaan kuin hoitosuhde oli. Tartuntaketjut paljastuvat Tapahtumaketju kuvaa nykyaikaisten molekyyliepidemiologisten menetelmien vahvuutta. Niiden avulla pystytään selvittämään tartuntaketjuja ja todennäköisiä tartunta-aikoja. Ne saattavat auttaa myös silloin, kun epätavallisten tautimuotojen ryvästymiä havaitaan. Analyysin avulla voidaan selvittää, onko kyseessä viruksen ominaisuus vai kenties tartunnan saaneen immuunivasteesta johtuvat eroavaisuudet. Hepatiitti C tarjoaa hyvän esimerkin, genotyyppi 1 b näyttää yhdistyvän vaikeampaan tautimuotoon kuin muut hepatiitti C -viruskannat, tutkittiinpa asiaa sitten Japanissa tai Suomessa. Fylogeneettisen vertailun teho riippuu hieman siitä, kuinka heterogeenisia väestössä esiintyvät virukset ovat. Suomessa HIV-tartuntaketjuja voidaan usein havaita hyvin helposti siksi, että meillä esiintyy niin paljon muita kuin B-tyypin viruksia ja myös B-tyypin virukset ovat ilmeisesti peräisin monesta eri lähteestä. Toisen palstan alkuun | | Sen sijaan USA:ssa, missä kaikki tapaukset ovat B-tyypin virusten aiheuttamia ja jotka usein vielä ovat saman viruskannan jälkeläisiä, on analyysi paljon vaativampi. Rokotteiden tehon valvontaan Missä virusinfektioissa sitten fylogeneettinen analytiikka olisi hyödyllisintä? HIV:in kohdalla sen avulla päästään kartoittamaan paitsi tartuntojen alkuperää, myös epidemiologisia yhteyksiä esimerkiksi lähialueiden tartuntatapauksiin. Sen avulla voidaan myös kartoittaa huumeiden käyttöön liittyviä virustartuntoja paljon aikaisempaa paremmin. Hepatiitti C -infektion kohdalla on vahvoja todisteita siitä, ettei paraskaan hygienian ja suojautumisen taso aina riitä estämään esimerkiksi sairaaloissa tapahtuvia infektioita. Tällöin ei pelkkä viruksen tyypin määrittäminen riitä, tarvitaan kunnollinen fylogeneettinen analyysi tilanteen rekonstruoimiseksi. Erittäin tärkeä fylogeneettinen analyysin soveltamisala koskee rokotteiden tehon valvontaa. Rokotteiden avulla saavutettu väestön immuniteetti saattaa pikku hiljaa johtaa sellaisten virusvarianttien ilmestymiseen, jotka pystyvät leviämään rokoteimmuniteetista huolimatta. Suomen polioepidemia 1980-luvulla oli tästä hyvä esimerkki. Tuhkarokon kohdalta on olemassa viitteitä siitä, että aikaisemmista viruksista merkittävästi poikkeavia viruskantoja on ollut aiheuttamassa rokotetuille tautia. Fylogeneettinen analytiikka on ilmeisen hyödyllistä, sen ongelmana on tekninen vaikeus ja kalleus. Vielä tällä hetkellä suhteellisen pienenkin näytemäärän kunnolliseen tutkimiseen saattaa kulua viikkojen, jopa kuukausien työpanos. Menetelmien yleistyessä ne kehittyvät nopeasti ja tulevat samalla todellisiksi epidemiologian yleistyökaluiksi. Pauli Leinikki, KTL (90) 474 4403 |
