Avoimuuden toteuttaminen ei kuitenkaan aina ole yksin myönteistä. Julkisuutta on usein tarpeen ihan käytännön syistä rajoittaa esimerkiksi asioiden valmistelun aikana. Hyvälle päätökselle välttämätön kunnollinen ja perusteellinen valmistelu voi sotkeutua pahasti, jos kaikista syntyvistä työpapereistakin saattaisi joutua lukemaan iltapäivälehtien palstoilta. Suomen julkisuuslaki antaa määräyksen luokitella tiedot salaisiksi esimerkiksi silloin, kun tiedot on vapaaehtoisesti luovutettu vaikkapa viranomaisille tutkimusta ja analyysia varten. Myöskään varsinaisessa tutkimustyössä alustavia tuloksia ei voi julkistaa, koska tieteellisen työn vakiintuneen muodon mukaan tulokset julkaistaan vasta huolellisen tieteellisen vertaisarvioinnin jälkeen. Jos tietoja annetaan julkisuuteen ennenaikaisesti, raporttia ei hyväksytä julkaistavaksi tieteellisiin aikakauslehtiin tai muille vastaaville tutkimuksesta tiedottaville foorumeille.

Avoimuuden toteuttamisessa on monia käytännön yksityiskohtia, joiden suhteen oikeat toimintatavat selkiytyvät vasta vähitellen. Esimerkkinä ongelmista kerrottakoon tapahtumaketju, joka sai alkunsa viime kesänä. Euroopan maissa on vuosikausia toiminut asiantuntijoista koostuva verkosto, joka on laboratorioiden kautta kerännyt tietoja todetuista legionellabakteerin aiheuttamista tautitapauksista erityisesti etelänmatkojen jälkeen. Bakteeri aiheuttaa keuhkokuumeen, joka vanhemmilla ihmisillä voi olla varsin vakava. Vain harvat sairastuvat, ja tauti voi ilmetä vasta hyvän aikaa matkan jälkeen. Siksi alkulähteen selvittäminen voi olla vaikeaa. Kansainvälinen yhteistyö on nopeuttanut tapausten löytymistä, vaikka usein näyttö esimerkiksi siitä, että jokin nimenomainen hotelli olisi syynä, voi jäädä epävarmaksi. Tartunnan lähde kun voi yhtä hyvin olla naapurihotellin uima-allas tai läheisen baarin suihkulähde. 

Verkosto on toiminut varsin hyvin ja sen on laskettu säästäneen satoja ihmishenkiä vuosien aikana. Tulos on vaatinut yhteistyötä verkoston asiantuntijoiden, kansallisten terveysviranomaisten, matkan järjestäjien ja hotellien pitäjien välillä. Hollannissa verkostoa vaadittiin paljastamaan epäiltyjen hotellien nimet uuteen julkisuuslainsäädäntöön vedoten. Oikeus tekikin velvoittavan päätöksen, ja hotellien nimet julkaistiin paitsi lehdessä myös internetissä. Tämän seurauksena hotellien yhteistyöhalu ymmärrettävästi romahti, ja eräät maat ovat jopa vetäytymässä verkoston toiminnasta. Nyt etsitään ratkaisua, jonka kautta verkosto voisi edelleen jatkaa hyödyllistä toimintaansa mutta vaatimus toiminnan avoimuudesta tulisi toteutetuksi. Ikävä kyllä norminanto ja tarkastustoiminnan kiristäminen tulevat aina ensiksi mieleen. Niiden toteuttaminen maksaa paljon ja osoittautuu usein ensi-innostuksen jälkeen hyvin tehottomaksi. 

Vastaavia esimerkkejä tullee esiin myöhemminkin. EU:n komissio on kutsunut koolle työryhmän joka pohtii muun muassa sitä, kuinka julkisia eri jäsenmaista kerättävät tartuntatauteja koskevat tiedot voivat olla. Erityisen herkkiä alueita ovat myös ruokaperäiset tartunnat, joissa mahdollisimman varhain toteutetut rajoitustoimet, esimerkiksi myyntikiellot, ovat avainasemassa epidemiauhkan vähentämisessä. Toimien pitää kuitenkin olla oikeita ja siksi perustua riittävään näyttöön. Tämä saattaa edellyttää epävirallista ja luottamuksellista tietojen vaihtoa ennen kuin tiedot saatetaan julkisuuteen.