Terveyden edistäminen ja sairauksien ehkäisy onnistuvat vain laaja-alaisella työllä, johon osallistuvat kaikki yhteiskunnan sektorit. Tärkeitä keinoja ovat ehkäisevien palvelujen järjestäminen, edellytysten luominen terveellisille valinnoille ja terveyden huomioiminen päätöksenteossa kaikilla yhteiskunnan eri tasoilla ja sektoreilla.

Valtaosa suomalaisten terveysongelmista johtuu seuraavista kansantaudeista: infektiotaudit, sydän- ja verisuonitaudit, syöpä, diabetes, astma ja allergiat, krooniset obstruktiiviset keuhkosairaudet, tuki- ja liikuntaelinsairaudet, mielenterveyden häiriöt ja tapaturmat. Pääosa KTL:n terveyden edistämistyöstä kohdistuu näiden sairauksien ehkäisyyn. 

Sairauksien ehkäisyssä voidaan erottaa neljä vaihetta: 1) ongelman kartoittaminen ja tulevan kehityksen ennakoiminen, 2) ongelman syiden selvittäminen, 3) ehkäisykeinojen kehittäminen ja 4) ehkäisyn järjestäminen. Jokaisessa niistä tarvitaan tutkimusta ja parhaaseen olemassa olevaan tietoon perustuvaa kehittämistyötä.

Kansanterveyslaitoksessa tehtävän tutkimuksen tavoitteena on lisätä tietoa ja ymmärrystä, jota tarvitaan sairauksien ehkäisyssä ja terveyden edistämisessä. Oma tutkimustyö auttaa tavoitteen saavuttamisessa monella tavalla: 1) se tuottaa sinänsä uutta tietoa, 2) sen avulla luodaan yhteydet kansainväliseen tiedeyhteisöön ja tehdään mahdolliseksi muualla tuotetun tiedon nopea välittäminen oman maan käyttöön ja 3) se antaa valmiudet muualla tuotetun tiedon kriittiseen arviointiin ja tulevaisuuden ennustamiseen.

KTL:n oma tutkimus on pääosin soveltavaa. Sen kohteina ovat kansantautien syyt sekä sairauksien ehkäisemis- ja väestön terveyden edistämiskeinot. Tutkimustyön kohteita valittaessa käytetään useita kriteereitä: ongelman laajuus väestössä, ongelman todellinen ja koettu vakavuus, ongelman ratkaistavuus tutkimuksen keinoin, laitoksen omat valmiudet ratkaista ongelma, kansallinen ja kansainvälinen työnjako. 

KTL:ssa tehdään myös perustutkimusta. Sen tavoitteena on luoda valmiuksia tulevaisuuden ongelmien ratkaisemiseen. Soveltavan tutkimuksen ja perustutkimuksen raja hämärtyy koko ajan. There is no applied science without sciencesoveltavaa tutkimusta ei ole ilman perustutkimusta. Saman asian voi sanoa myös toisella tavalla: There is only applied science and not-yet-applied science on vain soveltavaa tutkimusta ja tutkimusta, jota ei vielä ole ehditty soveltaa.

Monet KTL:ssa tehdyn perustutkimuksen tuloksista ovat jo nyt osa arkista sairaanhoitoa ja terveyden edistämistyötä. Kari Cantellin interferonitutkimus auttaa syöpää sairastavia potilaita kaikkialla maailmassa. Leena Palotien geenitutkimus on johtamassa läpimurtoihin monen perinnöllisen sairauden ehkäisyssä, diagnostiikassa ja hoidossa. Pirjo Mäkelän työ infektiotautien ehkäisyn, diagnostiikan ja hoidon kehittämiseksi on rakentunut merkittävin osin korkeatasoiselle perustutkimukselle. Myös Pekka Saikun ja Maija Leinosen havainnot klamydian ja kansansairauksien välisistä yhteyksistä lähtevät perustutkimuksesta.

KTL saa Helsingin yliopiston ja monien muiden tutkimusyhteisöjen tavoin uudet ja modernit tilat nyt valmistuvassa Biomedicumissa. Sinne muuttaa laitoksen molekyylilääketieteen osasto jatkamaan työtään suomalaisen tautiperinnön, sepelvaltimotaudin, skitsofrenian ja monen muun väestön terveyden kannalta keskeisen taudin syiden selvittämiseksi. Uusissa tiloissa kansanterveyden tutkijat työskentelevät rinnan kliinisten tutkijoiden ja perustutkijoiden kanssa.

Äsken tehtyjen selvitysten mukaan KTL:n tieteellinen tuotanto on valtion tutkimuslaitosten kirkkainta kärkeä ja tutkimuksen laatu (jos bibliometrisiin menetelmiin voidaan luottaa) maan huipputasoa. Menestystarinalle löytyi myös selitysintensiivinen yhteistyö ja verkottuminen kotimaassa ja ulkomailla. Sijoittuminen Biomedicumiin lähelle Helsingin yliopiston ja muiden tutkimusyhteisöjen huippututkijoita lisää ja parantaa tätä yhteistyötä edelleen.