Ohjelma on varsin laaja ja sen piiriin tulee kuulumaan kymmeniä, kenties satoja projekteja. Perusajatuksena on tehostaa olemassa olevia hankkeita ja lisätä niiden keskinäistä yhteistyötä mutta myös tukea uusia aloitteita, jotka sopivat ohjelmaryhmien laatimiin tavoitteisiin. Toimintaa johtaa eri maita edustavien terveysviranomaisten muodostama ohjausryhmä. Ohjelman toimeenpanoa varten ei aiota perustaa erillistä virkamiehistöä, vaan aloitteet viedään yhteiseen tietokantaan ja kunkin alueen ohjelmaryhmät tarkistavat, että hankkeet ovat ohjelman tavoitteiden kanssa yhdensuuntaisia ja täyttävät tietyt minimikriteerit. Tämän jälkeen aloitteen tekijät itse tai ohjelmaryhmän kanssa yhdessä alkavat etsiä rahoituslähteitä, joita tulevat olemaan eri osallistujamaiden panostukset. Kunkin ohjelmaryhmän apuna on palkattu asiantuntija, joka avustaa hankkeen käynnistämisessä sekä koordinoinnissa. 
Hankkeiden täytyy olla paitsi ohjelman yleisten painopisteiden mukaisia myös asianomaisen maan terveyspolitiikan kanssa sopusoinnussa. Toinen tärkeä periaate on, että maan tai alueen on itse tehtävä aloite, määriteltävä toiminnot ja kutsuttava yhteistyökumppanit. Kansalaisjärjestöt, laitokset tai yksityiset eivät tee projektiehdotuksia, vaan osallistujamaita edustavat ohjausryhmän jäsenet tai heidän valtuuttamansa ohjelmaryhmien jäsenet kutsuvat osapuolia yhteisiin hankkeisiin. Ensisijainen rahoituslähde on joko se maa, jonka hyödyksi toiminta ensisijaisesti tapahtuu tai tähän liittyvä bilateraali- tai muu sopimus. Tuki pyritään suuntaamaan ensisijaisesti yhteistyön lisäämiseen ja sellaisten hankkeiden käynnistämiseen, jolla voi olla pysyvää merkitystä. Palkkojen tai kulutustavaroiden maksaminen ei siksi ole priorisoinnin kärkipäässä. 

Hankkeen poliittista luonnetta on moneen otteeseen korostettu. Kaikkien Itämeren maiden hallitukset ovat sitoutuneet asiaan. Siksi ohjelman arvellaan tuovan tartuntatautien torjuntaan merkittävästi lisää resursseja tulevan kolmen vuoden aikana ja jättävän jälkeensä nykyistä paremmin toimivan yhteistyön ja nykyistä turvallisemman elinympäristön meille kaikille.