Kroonista nivel- tai sidekudostautia sairastavien rokottamista pyritään välttämään taudin aktiivisessa vaiheessa. Jos taudin hoidossa käytetään suuria annoksia immunosuppressoivia lääkkeitä, suhtaudutaan näihin rokotettaviin kuten muihinkin immuunipuutteisiin. Kun tauti on rauhallisessa vaiheessa, rokotusohjelma kurotaan kiinni ja sitä jatketaan tavalliseen tapaan.
Enbrel (etanersepti) tai Remicade (infliximabi) -hoitoa saavalle ei saa antaa eläviä mikrobeja sisältäviä rokotteita. Inaktivoitujen rokotteiden käyttöön ei ole raportoitu liittyvän ongelmia.
Päätöksen rokotteen antamisesta tekee hoitava lääkäri, jolla on kokonaistilanteen ja potilaan rokotteesta saaman hyödyn arviointiin parhaat edellytykset.