Vanhentuneet tai väärän käsittelyn takia tuhoutuneet rokotteet on hävitettävä. Hävitystapa riippuu siitä, millaisesta rokotteesta on kyse. Jos rokotteita hävitetään suuria määriä, siitä tulee ilmoittaa T erveyden ja hyvinvoinnin laitoksen rokotelähettämöön käyttötilastojen korjaamiseksi.
Näitä rokotteita (ks. taulukko 1) hävitettäessä on elävä rokotemikrobi (bakteeri tai virus) ensin tapettava autoklavoimalla, polttamalla tai keittämällä 5-10 minuuttia. Rokotemikrobit kuolevat muutamassa minuutissa myös sopivien desinfektioaineiden (1-prosenttinen kloramiini tai 1-prosenttinen hypokloriitti) vaikutuksesta, joten avatut ampullit voi upottaa desinfektioliuokseen. Liuos on vaihdettava päivittäin. Rokotteet voi tietysti lähettää ongelmajätelaitokseen hävitettäväksi.
Nämä valmisteet eivät voi aiheuttaa infektiota, mutta ampullit ja injektiopullot on tyhjennettävä viemäriin, jotta ne eivät joutuisi vääriin käsiin. Injektiopullo on yksinkertaisinta tyhjentää injektioruiskulla ja -neulalla. Injektioneulat on hävitettävä viiltävänä/haudattavana jätteenä.