Tutkimuksen nimi

M. tuberculosis -genotyypitys

Tutkimuspaikka

THL, Mykobakteerilaboratorio, Kiinamyllynkatu 13, 20520 TURKU

Lähete

Mykobakteerilähete/pyyntö puhelimitse (Puh. 029 524 6628)

Kontaktinjäljitys, TB:n epidemiologinen seuranta, laboratoriokontaminaatioepäily

Menetelmä

Tutkimus tehdään kahdella, toisiaan täydentävällä menetelmällä.Nopea, alustava tyypitys tehdään spoligotyypityksellä, varsinainen tarkempi tyypitys MIRU-VNTR–menetelmällä. Molemmat menetelmät ovat kansainvälisiä standardimenetelmiä, mikä mahdollistaa tulosten vertailun myös eri maiden välillä.

Spoligotyypityksellä noin viikossa, tarvittaessa nopeamminkin. MIRU-VNTR tyypitys noin 1 kk.

Tulkinta

Tutkittavan kannan tulosta verrataan epäillyn index-potilaan tai muun TB-kontaktin kannan genotyyppiin. Genotyyppiä verrataan myös muita  TB-tapauksia sisältävään genotyyppikirjastoon. Mikäli tutkittavilla kannoilla on sama spoligotyyppi, viittaa tämä epidemiologiseen yhteyteen ja tuoreeseen TB-tartuntaan. Lopullinen varmistus saadaan kuitenkin vasta MIRU-VNTR-tutkimuksella. Mikäli tutkittavilla kannoilla on eri spoligotyyppi ja/tai MIRU-VNTR-typpi epidemiologista yhteyttä tapausten välillä ei ole.

Sama genotyyppi ei aina tarkoita, että potilaiden välillä olisi suora epidemiologinen yhteys tai että kyseessä olisi tuore tartunta. Tietyt TB-klusterit ovat levinneet eri puolille Suomea/maailmaa ja tartuntareitit saattavat jäädä epäselviksi. Ikääntyneellä potilaalla saattaa olla myös vuosikymmeniä aiemmin saadun TB-tartunnan reaktivaatio, ja näitä saattaa ilmetä yhtäaikaisesti eri puolilla Suomea.

Lisätietoja

Supply P, et al. Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis. J Clin Microbiol. 2006 Dec;44(12):4498-510.

Kamerbeek et al. Simultaneous strain detection and differentiation of   Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology. J Clin Microbiol. 35:907-914, 1997.

THL/Mykobakteerilaboratorio puh: 029-524 6628