Tutkimuksen nimi

Mykobakteeri -lajimääritys

ATK-numero

80860

Tutkimuspaikka

THL, Mykobakteerilaboratorio, Kiinamyllynkatu 13, 20520 Turku

Lähete

Mykobakteerilähete täytettynä erikseen jokaiselle näytteelle. Saatavana mykobakteerilaboratoriosta puh. 029 524 6611.

Näyte

Positiivinen mykobakteeriviljely (kanta) joko kiinteällä kasvualustalla tai nestemäisessä mediumissa. Jokainen putki/pullo suljetaan imevään materiaaliin käärittynä  muovipussiin, pakataan kuljetuskoteloon pehmusteisiin käärittynä ja lähetetään        kategorian B näytteiden lähettämiseen tarkoitetussa keltamustaraitaisessa laatikossa (UN 3373). Mykobakteerinäytteet mielellään omassa laatikossaan varustettuna UTULab-osoitteella ja lisämerkinnällä THL, Mykobakteerilaboratorio. Lisätietoja näytteiden lähettämisestä löytyy Itellan nettisivuilta.

Suoritus

1-3 kertaa viikossa.

Indikaatio

Mykobakteeriviljelmässä havaitaan haponkestävää sauvaa (auramiinivärjäys).

Menetelmät

- Kaupallinen nukleiinihappohybridisaatiotesti (GenoType®
Mycobacterium CM) seuraaville mykobakteereille:
M. abscessus, M. avium ssp., M. chelonae, M. fortuitum 1, M. fortuitum 2, M. gordonae,  M. intracellulare, M. interjectum, M. kansasii, M. malmoense, M.marinum, M. peregrinum, M. scrofulaceum, M. tuberculosis complex ja M. xenopi.
- 16S rRNA-PCR-tuotteen emäsjärjestyksen selvitys sekvensoimalla.
Saatua emäsjärjestystä verrataan vastaaviin tunnettuihin sekvensseihin ja vertailun perusteella määritetään mykobakteerilaji.
- M. tuberculosis- kompleksin kannoista voidaan erotella  M. tuberculosis, M. bovis ja M. bovis BCG  PCR-menetelmällä.

Alustava tunnistusvastaus annetaan viikon sisällä näytteen saapumisesta mykobakteerilaboratorioon. Lopullinen tunnistustulos vastataan herkkyystulosten yhteydessä noin kolmen viikon kuluttua näytteen saapumisesta.

Tulkinta

Tavallisista mykobakteereista ei tulkintaa, harvinaisemmista annetaan kliinistä merkitystä koskeva arvio.

Virhelähteitä

Kannan epäpuhtaus, näytteen niukkuus, GenoType Mycobacterium-testien herkkyys, PCR-tuotteen virheet.

1.Kirchner et al. J. Clin. Microbiol. (1993) 31: 2882-2889
2.Talbot et al. J. Clin. Microbiol.(1997) 35:566-569
3.Espinosa et al. J. Clin. Microbiol. (1998) 36: 239-242