Osaston tutkimushankeet liittyvät tarttuvien tautien etiologian ja epidemiologian selvittämiseen. Osasto toimii läheisessä yhteistyössä monien KTL:n muiden osastojen, kuten Bakteeri- ja tulehdustautien- (BATO) ja Ympäristöterveyden- (YTOS) osastojen kanssa. Valtakunnallisesti muita yhteistyökumppaneita ovat STM:n alaiset sektoritutkimuslaitokset (Lääkelaitos, STAKES), yliopistojen laitokset sekä Elintarviketurvallisuusvirasto (Evira).
Infe:n epidemiologisen tutkimustyön lähtökohtina ovat seurantajärjestelmien (tartuntatautirekisteri, sairaalainfektio-ohjelma (SIRO), sukupuolitautien anturikeskuskus) tuottamat tiedot, joita käyttäen voidaan analysoida monipuolisia tutkimuskysymyksiä, sekä epidemiaselvityksiä. Valtakunnallisesti kerättävien tartuntatauti-ilmoitusten avulla voidaan pitkien aikasarjojen kautta tunnistaa uusia lainalaisuuksia infektiotautien epidemiologian suhteen.