Terveydenhuollon eri organisaatiot ja yksiköt ovat tärkeimpiä yhteistyökumppaneita, joiden kanssa suuri osa laitoksen toiminnasta tapahtuu.
Yhteistyö on hyvin monimuotoista, käsittäen palvelujen tuottamista, rekistereiden pitoa, ohjeiden ja suositusten laatimista, kehittämishankkeiden ja suurten monikeskustutkimusten toteuttamista.
Esimerkkejä konkreettista toiminnoista ovat yksinkertaisimmillaan laboratoriodiagnostiikka- ja laajimmillaan suuret rokotus- ja elintapatutkimukset.
Sairaalainfektioiden seuranta (Siro)
Kliinisen mikrobiologian laboratorioiden toimilupa-asiat
Epidemiaselvitykset ja koulutus