Tartuntatautien esiintyvyyttä seurataan monilla eri tavoilla. Terveyden ja hyvinvoinnin laitos ylläpitää mm kansallista tartuntatautirekisteriä, johon kootaan tietoja potilaita tutkivista laboratorioista ja heitä hoitavilta lääkäreiltä. Rekisteriin kerätään tietoja esimerkiksi ruoka- ja vesiperäisistä infektioista, sukupuolitaudeista, hengitystieinfektioista, hiv-infektioista ja aidsista, tuberkuloosista, vakavia verenmyrkytyksiä aiheuttavista mikrobeista ja niin edelleen.
Sairaalainfektioiden esiintyyvyttä ja merkitystä, samoinkuin mikrobien lääkeaineherkkyyttä tutkitaan erillisissä tutkimushankkeissa.
Suomessa tehtävä tartuntatautiseuranta on kiinteässä yhteydessä kansainvälisiin seurantajärjestelmiin. EU:ssa jäsenmaiden yhteistyö tapahtuu tautikohtaisten verkostojen avulla. Niiden avulla voidaan havaita jonkun taudin esiintyvyydessä tapahtuvia muutoksia, epidemioita ja esiintyvyydessä olevia eroavaisuuksia, jotka voivat selittyä taustalla olevien riskitekijöiden eroilla. Myös maailman terveysjärjestö WHO koordinoi kansainvälisiä yhteistyöhankkeita, joilla esimerkiksi valvotaan influenssan esiintyvyydessä tapahtuvia muutoksia, virusten alatyyppejä jne. Kansanterveyslaitos tekee myös paljon tartuntatautiyhteistyötä lähialueiden kanssa tavoitteena yhdenmukaistaa käytäntöjä ja menetelmiä.
Epidemioiden alkaessa Terveyden ja hyvinvoinnin laitos käynnistää ja koordinoi epidemiaselvityksiä, joiden avulla pyritään saamaan selville epidemian alkulähde, leviämistavat ja vaikutus väestön terveydentilaan. Kiinteä yhteistyö mikrobeja tutkivien erikoislaboratorioiden kanssa on välttämätöntä nykyaikaisen tartunnanjäljityksen onnistumiselle. Tällaisia erikoislaboratorioita on Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksessa useita, esimerkkeinä vaikkapa legionella- ja suolistobakteerilaboratoriot. Erikoislaboratorioissa tehtävä tutkimustyö tähtää paitsi epidemioiden tehokkaampaan seurantaan myös nykyistä tehokkaampien torjuntamenetelmien kehittämiseen.
Tartuntatautirekisteri