FinIP-rokotetutkimukseen liittyy Tampereen yliopiston rokotetutkimuskeskuksen tärkeä rinnakkaistutkimus, jossa selvitetään FinIP-tutkimuksen tavoitteiden lisäksi tarkemmin mm. rokotteen tehoa välikorvatulehdusta ja pneumokokkibakteerin nielukantajuutta vastaan.
Alatutkimus toteutetaan Tampereen yliopiston rokotetutkimuskeskuksen klinikoissa 13 paikkakunnalla naapurikuntineen. Tutkimus on alkanut helmikuussa 2009, ja siihen pyritään saamaan mukaan noin 7000 lasta. Tutkimukseen lähetetään kutsukirjeitä, joissa kerrotaan tutkimuksesta tarkemmin.
FinIP-rokotetutkimus alkaa myöhemmin keväällä, jolloin kumpikin tutkimus jatkuu jonkin aikaa rinnakkain. Tutkimukseen tulevien lasten vanhemmat voivat valita, kummalla tavalla haluavat lapsensa osallistuvan tutkimukseen.
Koska molempia tutkimuksia toteutetaan osin samoilla paikkakunnilla, saavat näillä paikkakunnilla asuvat lapset kutsu- ja tiedotekirjeet molemmista tutkimuksista. Lapsi voi kuitenkin osallistua vain toiseen tutkimukseen, ei molempiin. Mikäli lapsi on jo mukana Tampereen yliopiston rokotetutkimuskeskuksen alatutkimuksessa, on THL:n FinIP-rokotetutkimuksen kutsu- ja tiedotekirje perheelle tarpeeton.
Kummassakin tutkimuksessa lapset saavat samoja rokotteita samoilla rokotusaikatauluilla.
Tiedot rokotusten vaikutuksista pneumokokkitauteihin kerätään valtakunnallisista terveysrekistereistä. Tässä otetaan huomioon sekä FinIP-tutkimuksessa että Rokotetutkimuskeskuksen tutkimuksessa rokotetut lapset.