Rokotusaikataulu koostuu 2-4 rokoteannoksesta, jotka annetaan lapsen kahtena ensimmäisenä elinvuotena. Rokotusaikataulu riippuu siitä, minkä ikäinen lapsi on tutkimukseen tullessaan sekä siitä, mikä on lapsen asuinalueen neuvolassa käytettävä rokotusten lukumäärä.
Kullakin alueella käytettävä rokote riippuu siitä, mihin ryhmään alue satunnaistetaan. Kahdella kolmasosalla alueista annetaan pneumokokkirokotetta ja yhdellä kolmasosalla alueista vertailurokotetta. Annettava rokote arvotaan kullekin alueelle. Terveyskeskukset, vanhemmat, tutkijat tai rokotteen valmistaja eivät voi päättää, mikä rokote annetaan milläkin alueella.
Lisäksi tutkimus on sokkoutettu. Tämä tarkoittaa sitä, että tutkimuksen aikana kukaan tutkimuksen toteutukseen osallistuvista ei tiedä, mitä rokotetta missäkin terveyskeskuksessa käytetään. Sokkoutuskoodi avataan noin kaksi vuotta tutkimuksen aloittamisesta. Tämän jälkeen terveyskeskuksille kerrotaan, mitä rokotetta niiden alueella käytettiin. Perheet saavat tiedot lapselle annetusta rokotteesta neuvolasta.
Tutkimus on niin suuri, että sen toteutukseen tarvitaan koko maan kattava organisaatio. Lastenneuvoloiden terveydenhoitajat ovat rokotusten ammattilaisia, joiden kanssa THL tekee kiinteää yhteistyötä rokotusohjelman toteuttamisessa. Tähän tutkimukseen tarvitaan suuri määrä osallistujia, jotta voidaan selvittää, suojaako pikkulasten rokottaminen myös rokottamattomia
Lisäksi tässä vaikuttavuustutkimuksessa halutaan noudattaa samoja rokotejakelun ja -annostelun ohjeistuksia kuin Suomen lasten kansallisessa rokotusohjelmassa, jotta tulokset olisivat hyvin yleistettävissä rokotusohjelman vaikutuksiin.
Aiempien tutkimusten perusteella on odotettavissa, että
Tutkimuksessa käytettävän pneumokokkirokotteen hinta apteekissa on 68,83 euroa/annos. Rokoteannoksia tarvitaan lapsen iästä riippuen 2-4, eli koko rokotussarjan hinta on 137,66–275,32 euroa.