Enhetens verksamhetsområden är uppföljning och bekämpning av smittsamma sjukdomar, epidemiutredningar och resehälsa . Vid omfattande epidemier eller plötsliga epidemihot koordinerar enheten den nationella verksamheten. Enheten gör upp anvisningar för sitt eget verksamhetsområde, fungerar som konsult och utför forskningsarbete.
Medel för den kontinuerliga uppföljningen av smittsamma sjukdomar är det nationella registret över smittsamma sjukdomar, sjukhusinfektionsprogrammet (SIRO) samt givarcentralverksamheten för könssjukdomar. Uppföljningen av smittsamma sjukdomar utförs tillsammans med de mikrobiologiska expertlaboratorierna inom Institutet för hälsa och välfärd, THL.