Smittsamma sjukdomar, har genom tiderna förorsakat förstörelse och lidande. Det såg redan ut som om vaccinering och antibiotika hade vänt situationen till människans fördel, men situationen har församlats under de senaste tjugo åren. De smittsamma sjukdomarnas kan återtog kan forknopas genom vaccinering endast om hela befolkningen ständigt har ett tillräckligt gott vaccinationsskydd. De antimikrobiella medicinerna har förlorat eller håller på att förlora sin effekt då mikroberna blir resistenta. Befolkningstillväxten och koncentrationen av bosättningen i metropoler har för sin del medverkat till att nya smittsamma sjukdomar har börjat spridas. Man talar om en terrorbalans, där mikrobernas fördel är förmågan att anpassa sig till nya omständigheter och människan tvingas upprätthålla ett målmedvetet motstånd , utveckla av nya läkemedel och en noggrann följa med situationen.
Förekomsten av smittsamma sjukdomar följs med på många olika sätt. Institutet för hälsa och välfärd upprätthåller ett nationellt register över smittsamma sjukdomar där det samlas information från laboratorier och läkare. I registret samlas information om infektioner, som härstammar från mat eller vatten, könssjukdomar, luftvägsinfektioner, HIV-infektion, tuberkulos, mikrober som förorsakar allvarliga blodförgiftningar osv. Sjukhusinfektionernas förekomst och betydelse, precis som mikrobernas läkemedelsresistens undersöks i särskilda forskningsprojekt.
Den uppföljning av smittsamma sjukdomar som görs i Finland är nära kopplad till internationella uppföljningssystem. Samarbetet mellan EU-länderna sker genom sjukdomsspecifika nätverk. Med hjälp av dem kan man märka skillnader i förekomsten av någon sjukdom, upptäcka epidemier och studera de bakomliggande riskfaktorerna. Också världshälsoorganisationen WHO koordinerar internationella samarbetsprojekt, med vilka man t.ex. övervakar förändringar i förekomsten av influensa, subtyper av olika virus osv. Institutet för hälsa och välfärd samarbetar också med sina närområden kring Balticum för att förenhetliga praxis och metoder kring smittsamma sjukdomar.
Då epidemier upptäcks inleder och koordinerar Institutet för hälsa och välfärd epidemiutredningar, med vilka institutet strävar efter att få reda på epidemins ursprung, spridningssätt och inverkan på befolkningens hälsotillstånd. Ett nära samarbete med laboratorier som kan utföra specialiserad diagnostik av mikrober är nödvändig för att en modern smittoutredning ska lyckas. Det finns flera sådana speciallaboratorier inom Folkhälsoinstitutet, t.ex. legionella- och tarmbakterielaboratorierna. Det forskningsarbete som görs i speciallaboratorierna strävar förutom efter en effektivare uppföljning av epidemier även efter att utveckla bekämpningsmetoder som är effektivare än de nuvarande.