Ibland är man tvungen att avvika från tidtabellen för det allmänna vaccinationsprogrammet (tabell 16). De vanligaste orsakerna till avvikelser är akuta infektioner, oregelbundna rådgivningsbesök eller flyttning från orten eller landet. I Finland är det ytterst ovanligt att barn blir ovaccinerade på grund av att föräldrarna är tveksamma till eller aktivt motsätter sig vaccinering.
Om det uppstår avbrott i vaccinationstidtabellen och vaccinationsintervallet förlängs, fortsätter man från den punkt där man blev förra gången. Kroppen glömmer inte de vaccinationer den har fått tidigare.
Om man blir tvungen att ge vaccinationerna enligt en snabbare tidtabell, t.ex. på grund av en förestående flyttning till utlandet, kan man inleda vaccinationerna vid en lägre ålder och förkorta dosintervallet.
Vaccin som innehåller inaktiverade mikrober och renade antigener samt vaccin som innehåller levande försvagade mikrober kan ges samtidigt eller med valfritt tidsintervall mellan vaccinationerna.
Två vacciner som innehåller levande försvagade mikrober bör dock ges antingen samtidigt eller med minst en månads intervall.
Om det t.ex. vid en flyttning till utlandet finns skäl att anta att det inte går att ordna med vaccinering i destinationslandet, är det möjligt att ge alla vacciner, utom MPR, med en månads intervall. MPR-vaccinationerna kan vid behov ges med ett halvt års intervall, men helst skall de ges med 2-3 års intervall (tabell 16).