Social- och hälsovårdsministeriet skall enligt lagen om smittsamma sjukdomar besluta om obligatoriska vaccinationer inom försvarsmakten och gränsbevakningsväsendet efter att ha inhämtat utlåtande från Folkhälsoinstitutet. De som inleder sin beväringstjänst 2005 ges vaccinationer mot stelkramp, difteri och meningokocksjukdom (serogrupperna ACWY). Därtill ges Hib- och pneumokockvaccin till sådana beväringar som har fått mjälten bortopererad och saknar fullgott vaccinationsskydd.
Samtliga vaccinationer ges vid samma vaccinationstillfälle inom sex dygn efter inryckningsdagen. Beväringar som har fått mjälten bortopererad skall dock få meningokockvaccinet (MenACWY) senast 2 veckor före inryckningsdagen.
Vid ankomstgranskningen utreds den värnpliktiges tidigare vaccinationer och om det finns några absoluta kontraindikationer mot vaccinering. Kontraindicerade vacciner ges inte. Beväringar med giltigt vaccinationsintyg befrias från vaccinering, om vaccinationsskyddet varar beväringstiden ut.